Roel Kuiper studeerde Geschiedenis en Filosofie aan de Vrije Universiteit te Amsterdam, waar hij in 1992 promoveerde. Hij doceerde in het VO, HBO en WO op diverse posities. In 1995 werd hij  directeur van het Wetenschappelijk Instituut van de RPF, en bleef in die functie tot na de vorming van de ChristenUnie. Roel Kuiper werd in 1998 benoemd tot bijzonder hoogleraar Christelijke Filosofie aan de Erasmus Universiteit te Rotterdam. In 2002 werd hij daarnaast lector Social Work aan hogeschool VIAA in Zwolle en deed er pionierswerk in het verbinden van wetenschappelijk onderzoek met beroepsopleidingen. In deze jaren kwam onder zijn leiding het Centrum voor Samenlevingsvraagstukken tot stand. Hij publiceerde en redigeerde verscheidene boeken en artikelen op het gebied van politieke filosofie, maatschappelijke vraagstukken en onderwijs.

Naast een wetenschappelijk loopbaan was Kuiper politiek actief. In 2005-2006 was hij lid van de Nationale Conventie die advies moest uitbrengen over verbeteringen in het democratisch bestel. Van 2007-2019 was Kuiper lid van de Eerste Kamer, van 2011 tot 2019 als fractievoorzitter van de ChristenUnie. In 2011 werd hij voorzitter van de eerste parlementaire onderzoekscommissie ‘Privatisering en verzelfstandiging van overheidsdiensten’. Het rapport Verbinding verbroken? werd unaniem door de Eerste Kamer aanvaard en heeft geleid tot beleidsaanpassingen. In 2015 ontving Kuiper voor dit werk de ‘Prinsjesprijs’ die jaarlijks wordt toegekend aan een kamerlid met een onderscheiden bijdrage aan de parlementaire democratie.

Kuiper vertrok in 2014 naar de Theologische Universiteit Kampen om een nieuwe leerstoel te bekleden met het oog op Onderwijs en Identiteit. Hij leidt er een onderzoeksgroep en het expertisecentrum Onderwijs en Identiteit. In 2015 werd hij er rector en bestuursvoorzitter.